●ホーリーロード全国大会で雷門中が優勝を果たしてから3か月後。天馬が久しぶりに雷門中へ戻ってくると、なんと雷門からサッカー部がなくなっていた!途方に暮れる天馬であったが、突如現れた「アルファ」と名乗る少年によって過去へと連れて行かれてしまう!そこでは、アルファ率いるチーム「プロトコル・オメガ」とのサッカーバトルが待っていた。アルファたちを送り込んできたのは、サッカーの存在を消去するため歴史改変をくわだてる、200年後の未来意思決定議会「エルドラド」。彼らが次々と送り込んでくる強敵に立ち向かうため、天馬たちは「時空最強イレブン」を集めることを決意する!そして天馬たち雷門イレブンは時を超えた冒険の旅に出発するのであった!
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